両大学の大学院生を養成し、将来の研究者に育成するため、実施している教育活動には、以下のものがあります。
１．環境分析技術に関する特別講演
京都大学や深圳国際研究生院で、京都大学や日中センターの分析企業が、環境分析の先端技術を中国の研究者や大学院生に技術移転し、共同研究を推進することを目的としています。
２．新環境工学特論I・II の遠隔講義（e-ラーニング）
京都大学が、清華大学とマラヤ大学とともに共同開講したこの授業は、環境科学・工学の分野における新しい発展と最先端研究のホットな問題を紹介することを目的としています。
３．日本の最新環境技術の特別授業
京都大学の教員を深圳国際研究生院へ招き、日本の新しい環境技術について講演を行っています。
４．学生インターンシップ
京都大学と清華大学の学生交流を深めるために、毎年、日本から中国へ、また中国から日本へ学生のインターンシップを派遣し、両国の環境問題や環境技術の現地視察を行うとともに、交流セミナーを行っています。
５．ダブルディグリープログラム
2019年度から京都大学－清華大学での修士課程ダブルディグリープログラムを開始します。
６．オンサイトラボラトリープログラム
海外の大学や研究機関等と共同で、京都大学が設置する現地運営型研究室の一つとして、日中が抱える環境問題の解決に資するだけでなく、世界的な環境問題の解決を図る国際共同研究や海外で活躍できる大学院生教育を、産業界との連携を図りながら進めています。共同学位や多分野への交流の発展が期待されています。
京都大学と清華大学の教員が随時訪問することで学術交流が深められ、さらなる協力の機会とすることができます。修士と博士を対象にした訪問交流および育成制度を構築し、e-ラーニングをもとに専門科目の講義を展開しています。現在、e-ラーニングは京都大学、清華大学本校（北京）、深圳国際研究生院、およびマラヤ大学を繋いで実施されています。各学期には、水環境、固形廃棄物の処理と資源化、大気汚染防止などに関する専門科目が用意されています。学生たちは英語による講義、討論および個人発表を経ることで英語の応用能力の向上が期待できるとともに、各国の最新技術の研究を把握することでグローバルな考えを持ち、専門分野と総合的能力の向上の手助けとなります。
